農地與我國永續經營的危機
過去農業是我國最主要的產業，早期以稻米、雜糧以及特用作物包括甘蔗、茶…等為主。由於工商業的發展，在1960年以後雜糧、特用作物的栽培逐漸減少，而青果與蔬菜逐漸增加。稻米生產於1975以後就迅速降低，乃至於1998年僅剩36萬4千公頃；同年雜糧、特用作物的栽培面積分別僅有9.3、11.6萬公頃，而青果與蔬菜則有分別22.7、18萬公頃。
由於在市場經濟的衝擊下，我國主要農業競爭力低落，而工商住宅的需求又相當殷切，因此農地改變用途的呼聲甚高，而在1999年年底在立法院通過農業發展條例，以期放寬農地農有的限制，並且有條件的開放農舍興建。然而國家的永續經營需要維持長期的農業生產力。為了農業的永續經營，維持優良農地完整性的需要幾乎是不辯自明的，實例則見諸英國。英國在過去的三百年間，歷經戰爭與和平的數次波折。承平時期農田過剩，英人並不因此將之轉做他用，或休耕或闢成公園；而當戰爭來臨，這些綠地便能即時轉回良田，以應付增產之所需。
反觀我國，農業永續經營的兩大危機正是農地零碎與水土失保。在過去三十年的不當政策下，沒有計劃的、特權壟斷的農地變更，使得許多地區的農地變更用途，可說眾所皆知。這個趨勢將因現行的農發條例而加劇，農地零碎化的陰霾將隨之而至，這包括灌溉系統的解體、耕地無法順利擴大、污染以及抗爭的事件日趨嚴重…等。實際上，三十年來的開發，農地景觀已經相當劣化，相同的開發面積，若一開始就能集中處理，所節省的社會成本將是相當驚人的。
然而過度限制農民變更農地使用方式，可能失之公平而導致民怨。特別是過去因地處開發邊緣，甚或不當變更用途，因而致富者大有人在，以致於現在農民普遍存在「有朝一日」的想法。再者由於政府對於鄉村更新不去重視，村民因而有在自己土地興建住宅的需求。農地能否任意變更用途，不但是個人利益與全民利益的衝突，同時也是既得利益與艱苦農民之間公平與否的衝突。公平性的問題相當難解，除非政府肯對於基於國土計劃而無法變更的農民有所交代。
因此對於長期國家利益以及短期農民需求的兩難，比較兼顧的做法是雙管齊下，短期政策對於農舍的興建適當放寬，而長期政策則以集村化為終極目標。住宅需求的則應該從鄉土改造的角度來整體處理，用鄉村更新的方式來滿足農民的需求。特別應該注視的是，由於社區主義的抬頭，若能帶動鄉村建設經費的增加以及自主運用程度的提高，可望再度吸引資金與年輕人，讓農民成為國土的維護者，讓青年得以經營農村，讓新工作得以進入農村，建設農村─農地分明的理想生活圈型態。而這樣的新農村社區遠景，需要長期的完整農地政策來支持，畢竟優良的地景環境是鄉村產業成功的必要條件；凌亂分割的農地-建地混合區域，會是社區意識無法凝聚的重要因素。所謂「綠色矽島」，若沒有在鄉野景觀上能夠改善，將只是矽島而無綠色。
除了農地零碎外，另一個危及國家永續生存的危機是山地的不當開發。山地的超限農業生產不但危及本身的安全，也將嚴重威脅平地的水源。然而山地農業的開發背景相當複雜，原住民與山地漢族移民間的權利糾葛也不易釐清。雖然長期而言，現行的破壞性山地農業以廢止為宜，可是在短期內，基於原住民以及山地漢人的生存權，山地農業是無法馬上禁止的。同樣的兼顧做法，短期在於強制規定符合水土保持的農法，例如採用減少沖刷的農法(如Watson, 1995)，長期則宜將原住民視為山林維護者，一如平地農民為農田維護者，逐漸讓原住民自治，然而其前提是原住民應以傳統生活導向，以過去傳統智慧講求永續經營山林的的耕種方法來經營山林，而此種傳統方式若無法滿足其傳統的生存方式，政府應適度給予補貼。好的農業政策必須兼顧長期理想的實踐與短期問題的解決，而短期問題的解決以不嚴重違反長期理想為原則。農地國土的長期維護與短期利益有所衝突，所付出的代價必然不低，因此宜著手農業倫理學的探究與討論，以祈求得最高的共識與利益。陳水扁總統在選前選後再次強調「新中間路線」的定義。他將會提出很多公共議題，讓所有人可以由下而上地充分討論。透過不加限制、開放的討論，以期從各種利益衝突中找到最大的人民利益。因此在國內各階層應該進行農業倫理(如Kral and Kasper, 1994) 上主要的問題進行全面的充分討論，特別是人民是否準備放棄物質利益的無窮追求，來換得永續而合理的生活。
維持完整農地的訴求，最易受到質疑的就是如何使用農地？農地利用的困境在於大多數的作物無利可圖，雖然過去農委會提出所謂生產、生活、生態的三生農業觀，可惜各種政策措施的出發點還是以生產為主，因而造成真正農業問題的無法解決。新的農業政策應該落實於農地利用為導向，在維持農地永續經營的前提下，將農地使用分成三個範疇，農業生產有關的科研、行政政策應該區分此三大使用型態的差異性，又能兼顧此三大使用型態的發展：1. 政策導向耕作、2.市場導向耕作、以及3.生活導向休耕地管理。
我國農業的進步，成就相當顯著，其中技術的改進為最主要的原因；以水稻為例，1950年以來，在耕地以及人力投入沒有增加的情況下，靠著技術的改進，在單位面積產量仍有長足的進展(陳，1977 )。然而由於經濟的因素，扣除成本後農民的所得仍然偏低，因此在過去我國對於稻米、雜糧如玉米高梁大豆、砂糖、菸葉、製酒用葡萄等都定有收購辦法，進行政策性的補貼生產。這些補貼生產面臨WTO的衝擊，大都會逐步取消，不過基於糧食自主以及水田對於國土保育的重要性，政策導向耕作將以保留稻作面積為主要方向。稻米生產之不具國際競爭力，除了我國每戶經營農地太小之外，主要在於每年夏天颱風季的阻隔，因此一年只能分種兩期，各期生長季節都不夠長，單位面積產量自然無法與溫帶地區者比較。當然在過去，我國以每年兩期的稻米產量，所換算的單位面積稻米量，與溫帶國家比較，也是頗高的，但是在講求市場經濟的現代，以兩期作的生產成本就無法與進口米者競爭，也就是說我國稻米生產的競爭力低落並非技術之過，而是環境使然。
由於政策導向耕作需要政府的補貼，因此面積只有減少，剩下的農地由市場導向耕作與生活導向休耕地管理分佔，市場導向耕作無法擴充時，農地大幅度休耕勢不可免。例如植物種苗、熱帶花卉產業雖然因具有競爭性(郭，1990)，而被引為農作物的發展重點。然而這兩個產業的產值雖然頗被看好，實際上能夠使用的面積可能有限(郭，1995)，例如觀賞植物近10年開始興盛，然而在1998年總栽培面積也不過1.6萬甲。因此剩下的無法有效利用的農地仍需要朝著生活導向休耕地管理的方向來執行。
對於這些過剩農地，農委會在白皮書1上所敘述者是「輔導種植綠肥、造林及改良土壤等，並予適當補貼」。休耕方式目前僅有配合一期稻作的短期休耕，休耕地輔以綠肥栽種。站在農地利用的觀點，這是將農地與農村有機體作分離式的考慮下的政策產物，嚴重低估新社區精神下農村結合農地景觀的利基。在農業需求高的時期，農地提供生產的基地；農業需求低時，過剩的農地不應以廢耕、休耕的心態對之，而是要積極開發這些農地「生產」以外的其他利用價值，俾以對鄰近的鄉村經濟有所助益。
實際上這是有利可循的。以過去50年耕地面積顯著減少的歐美國家而言，休耕地可依不同目的，如生態的或景觀的，而有各種管理方式(如Green, 1981; Bromley, 1990; Clark, 1992)。以英國為例，該國成立了鄉野署(The Countryside Agency)2，選擇適當的地區，開發各種荒地休閒地的用途，以期協助農村居民、增強農村經濟、保育鄉村環境….等，而全國人民也可以由此國家綠色資產獲得好處。當然我國的水田景觀，與先進國家的鄉野景觀差異很大，無法全盤引用他們的方法，不過其精神則是直得借鏡的。
因此一個可長可久的農業政策，必須著眼於農地的使用，在中長期的農業計劃中，依照情況設計政策、市場以及生活導向三個範疇所涵蓋的耕地面積，而以生活導向的耕地當作緩衝，進可做農業生產，退可供休閒、景觀、生態復育等用途，可說是永續農業政策不可或缺的一環。必須一提的是，生活導向休耕地管理，與單純的種植綠肥有所不同，講求的整體的規劃，需要整個鄉村的集體設計，比起過去小農式集約耕種制度，更講求農地的完整性。這裡也可以看出，農地零碎化對於永續農業政策的達成，是相當不利的。
基於農地利用導向的觀點，來審視我國過去的農業科技、教育政策，可以發現有若干的不足與偏差，若沒有加以適度的調整，恐怕無法面對農業的困境，更不可能開創農地使用的新局面。因此本文嘗試對於新政府的農業施政方針，特別在農作物產業上，提出一些個人的觀察心得與建議。
就稻作而言：
我國稻米生產的瓶頸，技術的層面較少，環境的制約較高，因而近年來稻作生產技術的改進都以品質為優先目標。這個方向是正確的，不過商業所引起的問題，要用更高明的商業手腕來解決；這些商業手段，如食品加工、廣告、促銷、商標、品管等，似乎仍有很大的改善空間。以稻米商標為例，農企業對於商標的認識仍嫌不足，因此無法有效地引為建立品牌的利器(郭、黃，2000)，可見傳統的農企業對於現代商業手腕的認知仍有待加強。
建立稻米品牌的權威，使得稻米價差得以拉高，以作為對抗稻米進口的策略之一。這種價差得以落實，有賴於消費者對於高品質稻米的認識與要求的提昇，這一點今後可能應以更有效的、更具現代感的廣告方法來建立。
科技的研究，除了針對品質以外，產量方面仍需以降低生產成本為首要考量，而非單位面積產量。水稻新品種的育成，近年來由農業試驗所統籌，已經遭受到不少的批評，應該恢復早期各地區農業改良場自行進行，自行負責的方式。特別是講求地方性產業的現今，應當勤加研發具有地方特色的品種。日本島根縣農業試驗場開發出黑米地方品種3，用來釀製具酒紅色的清酒，當是一個可以令人省思的好例子。
就市場導向作物而言：
從農地使用的角度而言，市場導向耕作以現有的果樹、蔬菜、茶葉、其他鮮食用作物(如約10萬甲的玉米、落花生、甘蔗、毛豆、紅豆、甘藷等)、花卉、種苗、等為主，以及社區型的新興作物，如健康食品、有機產品、藥用植物等，或者傳統作物的特殊品種為輔。特別是社區型的小量作物，即所謂的「一鄉一特產」，配合社區整體營造，將是鄉村產業的開發重點。少量多樣化，特別是具有不耐運輸的優良產品，是打擊進口農產品的利器。
這些可望具有競爭力的作物，除了需要降低生產成本、增加單位面積產量外，更應積極創新品種，提昇品質，並且勤於創造附加價值，以期賦予這些農產品現代商品的特徵：經常推陳出新。前述日本黑米品種就是一個例子。沒落的傳統產業，經由社區總體營造，來獲得新動力，在日本有不少的例子，北海道富良野薰衣草花田就是其中之一。社區年輕人能否投入，並且配合地區農業改良場所的研發，將是社區型農業能否發展的重要關鍵。
就生活導向休耕地管理而言：
休閒農地管理技術，除了綠肥植物的繼續開發，特別是水田綠肥尚待提出合適的物種外，生活導向的、景觀導向的管理技術在國內都相當陌生。然而新鄉村運動配合觀光農業的發展，正需要這兩方面的配合。過去政策只有休耕補貼，這些經費對於農村景觀的幫助不大，即使種植田青當綠肥。一般的鄉村綠化工程，經費大多流向少數景觀公司與特定苗圃，對於農村經濟也沒有多大的助益。
生活導向的、景觀導向的管理技術則可以配合社區的休閒農業，使得休閒農地具有新的經濟價值，而政府所給予的補貼經費也能落實於農村。這些技術的理論基礎在於草相生態學，然而在過去這些不是生產性的技術，農委會並不予以重視，也就是說農委會過去所強調的生產的、生活的、生態的三生農業，仍僅止於口號，而未能落實於經費、科研。實際上就國家整體形象、觀光產業、國民生活水準等方面而言，廣大面積的休閒農地乃至於一般草地的具有成本考量的管理技術，應看待為新的產業而來提倡、開發。
就植物育種而言：
植物種源的開發引進是創新品種的前提，而各類植物的育種實力則是創新品種的基礎，這兩方面我國還有相當大的發展空間。新品種的育成方面，過去除了蔬菜部門以外，植物育種都仰賴公家單位進行。十年前，育種專家的分布仍偏重於農藝作物與蔬菜(郭，1991)，由於植物產業的部分轉移到觀賞植物，十年以來花卉育種的人力已逐漸增加。然而觀賞植物、種苗、新興作物、傳統作物的特殊品種等培具競爭性產業的小面積栽培植物種類相當多，公家部門無法兼顧。過去私人部門只有在蘭花產業有較多的育種成績，如何厚植各類植物的民間育種實力，而非全然仰賴公家單位，是個重要的課題。
植物育種家權利法的智慧財保障是必備的條件。農委會即將針對需求，對於舊的植物種苗法加以修訂，不過至今尚未設立有稱職的執行機構，無法對於植物育種家權利給於更快速的保障；正值農業單位重新調整的時刻，應對於種苗、品種管理體系給於相當大的重視。
就植物種源而言：
植物種原工作方面，與十年前(郭，1991) 相較，我國在硬體設施、行政架構上已有相當大的進步，不過國外種原資訊以及種原實體蒐集的能力仍有待加強，特別是植物分類人才缺乏的問題一直無法改善，而經濟部∕外交部的外圍組織，海外農技團體也一直沒有建立為有效的國外引種機制。
由於生物多樣性公約的簽署，目前許多種原豐富的第三世界國家對於種原的獲得與公平分享都相當重視。鑒於我國植物新品種開發，以及其他生物技術領域如植物性藥物的開發都需要植物種原的支援，因此加強與第三世界國家植物種原保育利用的工作亟待加強。
生物技術與農地利用：
很諷刺地，從農地使用的角度而言，目前最被奉為農業救星的生物技術，特別是基因轉殖作物，對我國植物產業的生存卻存在著可能的危機。生技科學固然在醫藥與食品加工等方面極有發展潛力，不過在我國是否可以解決農地利用問提卻未被充分檢討。生物技術研究人員常過度強調此技術如何創新植物品種，對於這些基因轉殖品種能否改善農民的收益，乃至於種植意願卻提不出具體的說明。
基因轉殖作物的開發需要大量資金，在美國皆是跨國公司在開發，因此一般著重在大宗作物，獲利者主要是跨國種子公司，而非農民。而且現在許多基因轉殖技術的專利全都是國外公司所擁有，我國要進行基因轉殖作物的育種，其成本可能相當可觀。因此對於發展基因轉殖作物的利弊，實在需要正反面仔細評估。
舉例而言，政府部門花錢研發一個含有維他命C成分的水稻品種，能否讓國民以高價來購買，而其價格可以高到讓農民有足夠的利潤來抵抗進口的類似產品？同樣的，我國各種作物開發基因轉殖品種的方向、政府─民間的個別角色、轉殖品種對於農民的收入幫助、甚至於我國是否可以經由「非GMO作物國家」的認定而開發高品質高安全性農產品外銷產業等，都需要釐清。
最後一個問題尤其重要，鑒於GMO標示問題的發展，將來若我國外銷農產品都要標示，那麼花費在檢驗的經費，是否會高於我國投資於基因轉殖作物的投資以及由之所獲得的利潤，而傳統產業是否會因之而增加成本，反而降低競爭力，而且這些高出來的成本要由誰來付，這些因素都要經過各方面包括農民認真的評估，而不能由科技官僚或科技專家片面地決定。
生物技術對我國的農業還有另外一層的危害，即過度推演其重要性所發生的排擠作用；這主要出現在國科會過度依靠SCI作為科研幾乎是唯一的評估標準，而農業研究機構，特別是大學裡又據此以SCI作為升遷、聘任制度的最重要設計。這種SCI導向，而非問題解決導向的科技政策，嚴重患了科學化約主義(Scientific Reductionism) 的繆誤，其後果將危及諸如傳統植物分類學、植物育種學等的發展，而這兩者是新興作物、種苗產業、熱帶觀賞植物等發展的基石。因此在人才培養、任聘、以及評估等方面，有需要針對個別學門建立不同的準則，以免缺乏科學的「多樣性」。
農業研究與國際農業合作：
植物產業的科研在過去對農業生產的貢獻相當大，不過部分的研究課題已經相當成熟，這些守成型研究課題可以略為縮編，以維持傳統農業生產的需要為底限，特別是各地區的農業改良場，應加以維持並且強化地區性作物的研究開發。大學科系則宜重新整編精簡，將部分的人力轉移到新設的生物技術學門。
此外，也可以設立機制，鼓勵守成型研究人才加入國際研究行列，以第三世界國家的農業需求、我國在海外農企業的問題等作為研究方向，以期兼顧外交關係的拓展與國家研究實力的維持。國際合作的項目當然也宜包涵提供培訓第三世界國家學生與年輕學人的機會，以求長期鞏固方農業的合作關係。前面所提的植物種原議題，更是植物產業合作的優良課題，這些在過去屬於分散的議題，應該加以整合，以期提高效率。
農業教育：
農業教育的失衡，是另一個隱憂。就農業技術教育而言，近年來農業專科學校一路改制技術學院然後大學，所聘任的教師又多是理論勝於技術，新一代的農業技術基層人才的培養所將出現斷層。另一方面，由於農業部門適合大學畢業生就業的市場相當狹小，造成學生多所抱怨「學非所用」。然而將來新鄉村運動得以進行，資金得以進入農村之際，仍然需要有創意、有均衡知識、對週遭環境瞭解的青年來執行，這些將來的需求，衡諸目前的教學項目以及師資，可說是「用無所學」，例如，農地生態保育以及管理技術在我國幾乎就沒有研究過；很重要的新興作物的研發，一直是民間跑的比研究單位快。
目前農作物相關科系的學生有心於學術者，一窩蜂轉向生物技術，將來農作物產業能否容納這些人力是一大問題，若要轉行到醫藥的生物技術，又嫌基本的化學學科訓練不足。因此在確定農業政策的方向之後，有必要據以檢討各級農業教育的方向，著眼將來的需求，及早調整教育內涵與方法。
就國家整體利益而言，農地的維護是國家永續發展的保障，農地利用應在新農村發展的架構上來設計。農地議題，包括原住民耕地問題，兼具長期願景的實現以及短期難題的解決，短期的權宜措施是必須的，但不能嚴重影響長期目標。
就農業總體步入守勢的現況而言，農業研究、教育部門的目標、架構等是應該適當重整、精簡，將部分資源釋放到非農地利用的生物技術領域，但絕不能受到排擠。在相關部門裡，將農學與生物醫學領域分開作業，是達到此目標的第一步，而農學部門如何進行重整、精簡，則有賴部門內的開放心胸。
農業研究、教育的方針應是農地利用導向的、農村發展導向的，而非新科技導向的，也就是說在農業領域上，新科技是需要經過篩選的。以農地利用為農業科研、行政的導向，才能達到農業永續經營的目標。
由以上的討論，可以發現，許多問題都具有跨部會的性質，因此其解決也必須是跨部會的共同合作。期盼新政府能重視農業乃是國家永續經營的根基，任何重大政策的擬定都必須先與農業部門協調，以免做出錯誤的決定！
永續農業的定義
定義一︰永續農業(是一種農業系統，) 長期行之，可以增進資源以及環境品質，以作為農業之所依據；可以提供人類糧食以及纖維之所需，並且在經濟上為可行，而能增進農民以及整體社會生活的品質。
定義二︰永續農業是一種動植物生產操作的整合系統，依地區的不同而有所差別，長期行之可以1.提供人類糧食以及纖維之所需；2. 對非再生資源以及農場資源作最有效的利用，而且能適當地整合自然的生物循環以及生物防治；3.在經濟可行之下持續農業生產；增進農民以及整體社會生活的品質。
永續農業的目標︰農民具有利潤、產量穩定、糧食品質佳、環境安全、可
永續農業的特徵︰
◎農藥的減少使用
作物栽培制度的改變：輪作﹑混作﹑覆蓋作物的利用﹑共榮作物，有益植物的混合栽培
作物新品種的育成：增加病蟲害的忍受性與抵抗性
◎肥料的減少使用
作物栽培制度的改變：輪作﹑新固氮植物的開發使用
作物新品種的育成：低肥的忍受性﹑更高的肥料利用效率
◎減少耕犁的栽培方式
作物栽培制度的改變：覆蓋植物的利用
作物新品種的育成：幼苗更強勢﹑能忍受不耕犁的土地
◎減少灌溉的栽培方式
作物新品種的育成：提高乾旱的忍受性與水的利用效率
◎植物營養品質的提昇
作物新品種的育成：風味﹑營養品質﹑低脂﹑
◎多年生禾穀作物的栽培
作物新品種的育成：成熟期的控制，不同植物間的適應性，不同根系的育種
◎新作物的開發
民俗植物的改良
農業生產制度(Agricultural System)
Transitory Agricultural Systems: Nomadic pastoralism游牧; Shifting Cultivation遊墾
Settled Agriculture: 農耕Arable Systems; 畜牧Pastoral Systems; 大田農耕Plantation Agriculture; 小農農耕Farm-Houshold (Small-farm) Agriculture; 農漁牧混合制度(在中國稱為立體農業) Mixed Farming Systems; Urban Agriculture 都會農耕(包括市民農園、屋頂菜園等)
作物栽培制度(Cropping system)
定義：在一區農地上，某段時間之內栽培作物的種類，以及不同作物在時間上與空間上的配置方式，稱為作物栽培制度。
類別：遊墾Swidden cultivation、連作Monocropping、輪作Rotation、間作Intercropping、複作Multiple cropping、休閒Fallow, Set aside
第一期(年)
| 第二期(年)
| 第三期(年)
|
複作制度Multiple Cropping System
一年內同一區農田種植一種以上的作物，稱為複作
水稻與甘蔗：灌溉水三年一輪時︰
作物生產制度與永續農業資料見種子網站(http://seed.agron.ntu.edu.tw/)主頁進入「作物學」，其中的作物栽培制度、永續農業
我國農業史見http://seed.agron.ntu.edu.tw/civilisation/Taiwan/aghis.htm
史前
我國農業的起源，可追溯到三、四千年前。
c 2000 BC，大坌坑繩紋陶文化期已有了初期的農耕文化，
c 1500 BC，北部芝山巖遺址、中部營埔及洞角遺址、南部墾丁遺址等出土的碳化帶穗稻穀與印在陶片表層裡的稻穀遺痕。是比較高級的農耕文化。
前荷時代
漢人移居前：
我國農業一開始時，以栽培食用作物為主，放牧農業似無足輕重。有記載的農業相當晚(1349)。
漢人移居初期
自嘉靖中葉前後，漢人農民常在春間自中國南方沿海入台耕種，秋收後再返大陸，並未定居。
荷蘭時代
1624年荷人引進中國漢人移民來台墾殖定居，與繼之的鄭氏時期共六十年，可稱為我國農業的草創時期。
殖民重點在於糖業，土地是以武力向原住民奪取，但農業勞動者問題並不容易解決，因為當時的原住民只懂得耕種粟或稗之原始農耕技術，種植甘蔗的技術低落。
具農耕經驗並能刻苦耐勞的福建、廣東的失業農民，即很很快就引起西洋人殖民者的注意。1636年荷人邀請巴達維亞(現在的雅加達)第一代華僑首領蘇鳴崗來台定居，並透過其關係號召這些漢人難民移居我國，從事種植蔗、稻。提供耕牛、農具、種子、資金等，以獎勵從事開墾，並且保護其農耕免受土著的干擾。
這些漢人就搭上紅毛人的＜大划船＞，一群又一群大規模地由福建的廈門或泉州出發。1648年，台灣的漢人驟然增加至二萬人，並皆從事於農業。
鄭氏時代
鄭成功為穩定的軍糧供應，就先考察台南附近的地形和產業，然後設定屯田制度，兵分南北二路，散居各地以開墾土地，並供給農具種子，專事栽培禾穀，來生產軍隊的主食至1665年，軍糧民食已能自給，而農業勞動力的主要來源，仍為鄭軍的士兵及其眷屬。。
清國時代
1683~1795年間，由於漢人農業移民渡台者日眾，以及水利系統的大量構築，促使我國農業由原來的蔗園粗放農作，改變為水田為主的精耕農作；原來的荒野，轉變為閩粵沿海一帶的穀倉。由於此種變化，社會內部組織也隨之而變，如地緣團體(同鄉會館、商業行郊))的建立及血緣團體(宗祠、宗族)的發展。米糖就成為我國的兩大產業。兩種作物皆種在西部平原較早開發的農地上。而開發的城市也以平地與港口為主。1812年「嘉慶十六年，閩浙總督汪志伊，……分三次運回穀十萬石。而之結困台灣米價騰貴，民食被耗……」。1860清國在天津條約下，開放淡水、基隆、高雄、安平等港口對外通商，外商亦開始在台設立洋行。至1894年，可稱為茶、糖與樟腦等經濟作物的發展時期，亦為清末西方帝國主義經濟勢力影響我國農業開發的時期。茶、糖、樟腦取代以前之米、糖成為台灣之出口大宗。茶業的發展，是利用過去種植番藷、靛藍(染料作物，前曾是法?國重要的輸出品) 等經濟價值不高的北部丘陵台地。樟樹是砍伐自山林的天然樟木，茶則種在中北部山陵地，原住民的居地因而受侵。但山區的城市也因而開始興起，如大溪，三峽，關西，竹東，苗栗，大湖，三義，東勢，集集，竹山等。我國的政治經濟中心也因而北移。
日本時代
1895~1911年為糖業改良時期，糖業經營進入資本主義化的時期。
1912~1925年為在來米改良時期，1926~1936年為蓬來米發展時期。
1934年，為保護日本稻農，開始減少台灣稻作面積。獎勵轉作的代替作物，則有棉花、黃麻、苧麻、蓖麻、甘藷、小麥、花生、鳳梨、香蕉、柑桔類、咖啡、可可亞、蔬菜類等，因而改變了過去一直以糖米為重心的單一作物生產體制。
1937~1944年稱為特用作物的發展時期，1938年首先訂定「台灣重要農作物增產十年計畫」，因應戰時軍事動員之需要，各種原料特用作物的引進或擴充甚為迅速，更促進了台灣農業的多角化、高度化、計畫化。
國府時代
1945~1953年 農業的重建期︰農業因在戰時遭到破壞，田園荒廢，化學肥料生產停頓，海上交通受阻，進口困難，因此農業生產嚴重退步。在此時期之間，農業生產恢復到戰前的水準。1950~1953年，對外輸出總值中，農產品及農產加工品所佔比率，每年平均在90 %以上(其中糖、米二項約佔75 %。匯成為工業化初期購進機器設備所需資金的主要來源。
1954~1967年，農業的擴張期︰此時期政府以農業支援工業發展。革新耕種技術，改善化學肥料、農藥施用方法，以及擴大水利與其他生產設施等。因此，各種作物個別產量不斷提高。1954~1967年，各項農產品中，果實生產之年平均成長率高達14.5 %，其次為蔬菜之5.4 %。就作物生產總值來說，1967年為275.7億元，較1954年的60.7億元，約增加4.5倍。但是在財經政策方面，採取了許多措施，使得農民所得卻未有顯著的提高。1966年向日本輸出之米大幅減少，世界砂糖生產過剩，糖價低落，致農產品及農產加工品僅佔總出口值之44.9 %，而砂糖興米減少至僅剩16.6 %，是新興產品洋菇、蘆筍輸出的快速成長，已取代過去糖、米在輸出農產品中的重要地位。
1968~，農業的衰退期︰1968年以後，由於工商業快速發展，農村勞動力大量外流，農業工資急遽上升，農用資材成本偏高，農產品價格不穩定，農民所得偏低，以及國外農產品大量進口等種種因素，導致農業發展面臨了前所未有的困難，農民耕農無利可圖，被迫放棄利用間作、裏作的機會，耕作漸趨粗放，浪費不少農地資源。由美國進口的大宗穀物，不但影響國內稻米的產銷，更剝奪農民兼種雜糧收益，又公營企業的台糖公司與大宗穀類進口商的民營企業，乘便兼營大養豬場及養雞場，其規模既大，成本亦低，故其生產遠較一般農戶之副業養豬、養雞有利，使得農家養豬、養雞備受打擊，甚至無法生存，養豬、養雞收入也大受影響，這亦是造成農民所得偏低的主要因素之一。1988年5月20日農民與大學生聚集立法院-台北車站，為農民生計與權益展開劇烈抗爭，爆發520事件。
網路資料見見種子網站(http://seed.agron.ntu.edu.tw/)主頁進入「植物與文明」，其中的我國的植物產業史